En julio de 2004, PEP concursó la licitación 18575108-030-04, donde participó Oceanografía junto con otras empresas. Una vez más, la licitación se declaró desierta y cuando el concurso aún estaba bajo investigación, en octubre de ese año funcionarios de la paraestatal iniciaron el proceso de adjudicación directa DOCSM-095-04 a Oceanografía. En mayo de 2005, los funcionarios de PEP Héctor Leyva Torres, José Guadalupe de la Garza Saldívar y Flaviano Rodríguez Marcial, acordaron el contrato con Oceanografía por 676 millones de pesos más 27 millones de dólares por el arrendamiento del barco Caballo de Trabajo (para rehabilitación de plataformas marinas), mismo que resultó un fiasco: se le detectaron fallas en la grúa del barco, hubo incumplimiento en los servicios y deficiencia de obra, por lo que el buque fue sacado de la Sonda de Campeche para su reparación.
En 2004, los reporteros Miguel Badillo y Ana Lilia Pérez revelaron en un artículo publicado el 24 de octubre de 2004, en el periódico Excélsior, el supuesto tráfico de influencias que hacían en la paraestatal los familiares del entonces presidente Vicente Fox. Se documentó que Raúl Muñoz Leos presionó al director de PEP Luis Ramírez Corzo y al Organo Interno de Control para que otorgara a Oceanografía el contrato 18575108/068/04, por más de 150 millones de dólares, para el alquiler de un barco grúa para las plataformas de la Sonda de Campeche.
El tráfico de influencias de familiares de Vicente Fox en Pemex –incluida su esposa Marta Sahagún-, fue notorio. Exigían con gran descaro que Pemex, Exploración y Producción asignara contratos millonarios a Oceanografía. Manuel, Jorge Bribiesca y Guillermo Sahagún, obtenían jugosas comisiones de esos contratos. En el sexenio foxista, la naviera recibió más de 9 mil millones de pesos en contratos de obras y servicios. Estas irregularidades fueron avaladas por funcionarios de Pemex, entre ellos Raúl Muños Leos, Luis Ramírez Corzo, el ex abogado de Pemex César Nava Vásquez y actual secretario particular de Felipe Calderón y el director de PEP, Carlos Morales Gil, quienes violaron la Ley Federal de Responsabilidades de los Servidores Públicos al proteger a la naviera -la cual no era competente ni en calidad ni en precios-, para favorecer a la familia presidencial.
Pemex modificó las bases de licitación a petición de la empresa Oceanografía, antes de concederle un contrato de mantenimiento y protección de las terminales marítimas en el Golfo de México, por 198.6 millones de pesos. Además, la paraestatal pagó casi 50 millones de pesos a dicha empresa sin que ésta cumpliera con los reportes finales de la conclusión de obras. Manuel Bribiesca reconoció que junto con su hermano Jorge y su tío Guillermo Sahagún gestionaban contratos para dicha empresa. Tan solo por un contrato obtendrían cien millones de dólares.
Aunque los representantes de Oceanografía, la empresa recomendada por la familia del presidente, se declararon en insolvencia económica, en el mismo periodo que actuaron como gestores Manuel y Jorge Bribiesca y Guillermo Sahagún, el entonces director de PEP, Luis Ramírez Corzo, adjudicó de manera directa contratos por más de mil millones de pesos, violando las leyes de Obra Pública y de Responsabilidades. Antes del sexenio de Fox, Oceanografía estaba vetada prácticamente, pero en los primeros cinco años de gobierno de Fox obtuvo más de cien contratos de obras y servicios que representaron 6,500 millones de pesos; muchos de ellos entregados de manera directa por altos funcionarios de Pemex.
Durante el sexenio de Fox, entre 2001 y 2006, Oceanografía obtuvo más de 9 mil millones de pesos de Pemex mediante licitaciones públicas y adjudicaciones directas, cantidad suficiente para que sus propietarios Amado Yáñez Osuna y Amado Yáñez Correa capitalizaran a la naviera hasta convertirla en una de las compañías contratistas más poderosas e influyentes en la paraestatal.
Juan Bueno Torio, senador del PAN y ex director de Pemex Refinación fue acusado de establecer una extensa red de corrupción en Petróleos Mexicanos. Durante su gestión en Pemex Refinación (2003-2006), Juan Bueno Torio diseñó un equipo de funcionarios, con más de 200 plazas creadas, para operar la asignación de contratos multimillonarios a modo en favor de empresas petroleras, algunas de las cuales eran propiedad de familiares del propio senador panista. Se le acusó, entre otras cosas, de un fraude de buques petroleros rentados a Pemex por una cifra inflada de 66 millones de pesos. Al ex funcionario petrolero y actual senador panista, también se le ordenó investigación por la Cámara de Diputados por favorecer con contratos de transporte a parientes, durante su gestión como director de Pemex Refinación. La investigación quedó a cargo de la misma comisión que averigua los negocios de los Bribiesca Sahagún, los hijos políticos de Vicente Fox. La demanda contra él por el sobreprecio en la venta de buques petroleros involucró a la empresa Arrendadora Ocean Mexicana, en la que actuó un presunto prestanombres de Bueno Torio.
En 2005 la subsidiaria de Pemex rentó un buque con un sobreprecio de 66 millones de pesos a Ocean Mexicana, quien después trasfirió el barco a la empresa Akro Shipping, quien para obtener el contrato de adjudicación directa sólo le cambió el nombre y la bandera a la nave.
En 2006, a Federico Domínguez Zuloaga se le atribuyó otro hecho similar al de Muñoz Leos pero con un costo económico mayor: un tratamiento dental privado de su esposa por la cantidad de 212 mil pesos con cargo a Pemex.
La concesión de una beca de Pemex por 257 mil pesos a Alfredo del Mazo, hijo del acaudalado ex gobernador y ex secretario de Energía Alfredo del Mazo, para hacer un postgrado en la Universidad de Harvard, al margen del reglamento vigente en la paraestatal, ya que Alfredo del Mazo no era empleado de planta y llevaba sólo tres meses trabajando, cuando la antigüedad mínima para ser becario es de tres años.
Otra nota sobre corrupción la dio Pemex Exploración y Producción cuando contrataron un barco en 1,200 millones de dólares. Se trató de la contratación de un buque petrolero por Pemex a través de su filial Pemex Exploración y Producción (PEP), en un concurso internacional donde se cree que hubo tráfico de influencias, fraude, soborno y un cuantioso daño patrimonial a Pemex. Lo insólito de esta licitación es que de los 300 millones de dólares que había presupuestado inicialmente Pemex para dicho contrato de arrendamiento, la paraestatal elevó el costo hasta 1,200 millones de dólares, es decir 300% más. Otro hecho extraño fue que la ganadora fue la empresa noruega Berensen, la de menos experiencia pero con relaciones muy cercanas con algunos funcionarios de Pemex, como Luis Juan Reinoso Flores y Juan Antonio Marcos.
En el último año de gobierno de Vicente Fox, Luis Ramírez Corzo, director de Pemex, otorgó una docena de contratos transexenales a Oceanografía por más de 3 mil 600 millones de pesos, entregados vía PEP y avalados por su director, Carlos Morales Gil, ratificado en el puesto por Jesús Reyes Heroles. Esto incluyó millonarias adjudicaciones directas, en un periodo en el que la compañía debía estar inhabilitada por fraude e incumplimientos. A unos meses de terminar su gestión, Ramírez Corzo ordenó clasificar como confidenciales todos los documentos relacionados con la naviera y reservarlos por un periodo de diez años.
A principios de 2008, Andrés Manuel López Obrador presentó pruebas que señalaban al hoy extinto secretario de Gobernación, Juan Camilo Mouriño, de obtener de Pemex contratos millonarios mediante los procesos de adjudicación directa para beneficio de su empresa familiar. Mouriño admitió que firmó contratos como apoderado legal de la empresa Transportes Especializados Ivancar, con los que la compañía acordó convenios de prestación de servicios con Pemex. Los contratos fueron firmados por Mouriño, como apoderado legal de la empresa, el 20 de diciembre de 2002, el 1 de septiembre de 2003 y el 29 de diciembre de 2003. En esas fechas Mouriño era asesor del entonces secretario de Energía, Felipe Calderón. Antes, en la Legislatura 57, fue presidente de la Comisión de Energía en la Cámara de Diputados. También se publicó en Internet, que Camilo Mouriño habría colocado a sus amigos cercanos en áreas claves de Pemex.
En los Servicios Médicos de Pemex (Subdirección de Servicios de Salud), también existe una red de corrupción descomunal que involucra a la mayoría de la administración. Los directivos obtienen grandes beneficios en el otorgamiento de contratos a servicios subrogados, en dinero en efectivo, propiedades o incluso viajes pagados a Las Vegas. Directivos como el Dr. Sergio Madrigal Arana (actualmente en Veracruz) o el Ing. Alejandro Razcón (en Guadalajara), por citar sólo dos ejemplos, se han beneficiado hasta la saciedad de la falta de mecanismos de supervisión y control para combatir la corrupción en los Servicios Médicos de Pemex por parte de sus mandos superiores.
Y así como estos casos habrá muchos más que no se ventilan. Como sucede en los negocios, que por cada inconformidad de un cliente existen 500 que no se manifiestan, igualmente sucede en materia de corrupción. Por cada caso ventilado públicamente, hay cientos de casos de corrupción que por desgracia no salen a la luz pública. La corrupción es para muchos el problema más grande de Pemex y quizá el más complicado. Sin extirpar ese cáncer no se podría avanzar con éxito en otros proyectos. Desafortunadamente, el tema de la corrupción no parece ser prioritario en la agenda de Felipe Calderón, las iniciativas del jefe del ejecutivo van encaminadas hacia otros objetivos como la reforma energética, matizada por el fantasma de la privatización. Tanto Felipe Calderón como Camilo Mouriño, desde antes de que fueran presidente y secretario de Gobernación respectivamente, sabían de la corrupción en Pemex y la conocieron ampliamente en el sexenio foxista.
La realidad es que no se ha querido combatir y exterminar ese cáncer que tanto daño ha causado a Pemex y al país entero. La corrupción esta anidada en todos los niveles, departamentos y sectores de Pemex. Es una práctica cotidiana y bien arraigada, que abarca desde los distintos niveles de la alta dirección hasta los empleados de niveles inferiores. La corrupción está presente en todos los sectores, en todas las subsidiarias, en los Servicios Médicos, en los contratos subrogados, en los proveedores de obras y servicios. Está presente desde los concursos, licitaciones y otorgamiento de contratos hasta en el saqueo de productos y recursos de la paraestatal.
